Pesantren Salman Al-Farisi dikelola oleh Yayasan Pondok Pesantren Salman Al-Farisi dengan pengesahan dari Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor AHU-0022071.AH.01.04.Tahun 2020 pada tanggal 19 November 2020.
Sebelumnya, Pondok Pesantren berada di bawah Yayasan An Nubala dengan pengesahan dari Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia No AHU-5101.AH.01.04 Tahun 2010
Pesantren Salman Al-Farisi terdaftar sebagai lembaga pendidikan swasta berdasarkan surat keputusan Kementerian Agama KD 11.13/4/PP.00/2176/2014